В настоящее время в академии научные исследования проводятся по следующим направлениям:

1. Биохимические аспекты адаптационных и дизадаптационных реакций при различных физиологических и патологических состояниях человека и животных.
2. Механизмы развития, диагностика и патогенетические подходы к лечению больных с поражением сердечно-сосудистой системы различного генеза.
3. Эпидемиология основных заболеваний и травматических повреждений центральной нервной системы в Забайкалье.
4. Влияние цитомединов и цитогенов на иммунитет, гемостаз и ангио генез при хронической форме ДВС-синдрома в эксперименте и клинике.
5. Разработка лекарственных средств, оказывающих многофакторное нейропротекторное и ноотропное действие при заболеваниях нервной системы.
6. Эпидемиологические и патогенетические аспекты алкоголизма и алкогольных психозов в Забайкалье.
7. Роль нарушений иммунитета, гемостаза и свободнорадикальных процессов в возникновении акушерских, перинатальных осложнений и онкологических заболеваний органов женской репродуктивной системы.
8. Малоинвазивные технологии в хирургии.
9. Состояние регуляторных и защитных систем в норме и патологии у детей Забайкалья.
10. Эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика стоматологических заболеваний у жителей Восточной Сибири и Крайнего Севера в возрастном аспекте.

Кроме того, академия проводит исследования в рамках выполнения договоров по отраслевым научно-исследовательским программам МЗ РФ:

1. Разработка принципов профилактики психических расстройств, способов и организационных форм лечения и реабилитации психически больных в условиях реформы психиатрической службы ("Психиатрия" – рук. проф. Н.В.Говорин )
2. Разработка неинвазивных критериев диагностики, эффективности проводимой терапии и прогноза злокачественных опухолей органов дыхания в экологически неблагоприятных районах ("Онкология" – рук. проф. Б.С.Хышиктуев)
3. Изучение патологических состояний сердечно-сосудистой системы. Разработка современных медицинских технологий профилактики, диагностики и лечения болезней системы кровообращения ("Кардиология" – рук. проф. А.В.Говорин)
4. Мониторирование здоровья и методы реабилитации старшего поколения населения России ("Геронтология и гериатрия" – рук. проф. Б.И.Кузник, проф. Ю.А.Витковский)
5. Иммунологические механизмы регуляции системы гемостаза в норме и при тромбофилиях ("Гематология и трансфузиология" – рук. проф. Б.И.Кузник, проф. Ю.А.Витковский).